Le regroupement stratégique Inégalités Sociales de Santé et Équité (ISSE) a pour mission première de favoriser le développement d'un réseau de chercheuses et chercheurs en complémentarité à celui de la métropole, en accordant une attention particulière à l'étude des inégalités sociales de santé présentes en milieu rural, dans les moyennes et petites villes ainsi que dans les communautés autochtones.
La mission du regroupement vise donc à stimuler et soutenir le développement d'équipes de recherche, à aider à structurer la recherche sur les inégalités sociales de santé dans l'ensemble du Québec, à faciliter l'obtention de financements et à soutenir le partage des connaissances et des savoirs sur la question des inégalités sociales de santé entre les différentes régions et groupes de recherche du Québec.